La época de autoritarismo militar (1931-1979) y la guerra civil (1980-1992) en el Salvador son marcadas con la presencia del régimen israelí y sus esfuerzos para equipar y modernizar la Armada salvadoreña, un hecho que provocó a otros países vecinos como Honduras a seguir el mismo rumbo.
Israel firmó en 1973 su primer gran contrato internacional en el que participó la industria aérea de Israel, ya que antes las ventas de armas israelíes a Latinoamérica eran mínimas, según el libro ‘La presencia de Israel en América Central’.
Además, el texto precisa que, ocho años más tarde, el régimen de Israel proporcionó a El Salvador un préstamo militar de 21 millones de dólares; alcanzado con la probable ayuda de Estados Unidos.
La cooperación entre Israel y El Salvador durante la guerra civil salvadoreña causó la muerte de miles de civiles. Esta relación llevó a San Salvador a trasladar en 1984 su embajada de Tel Aviv a la ciudad palestina de Al-Quds (Jerusalén).
Por un corto plazo, El Salvador era el único país que mantenía su sede diplomática en Al-Quds pero finalmente en 2006 decidió retirarse a Tel Aviv por las denuncias de la comunidad internacional. Además, el representante de El Salvador no asistió en 2017 a reunión de la Asamblea General de Naciones Unidas que rechazó la controvertida decisión del presidente estadounidense, Donald Trump, sobre el cambio del estatus de Al-Quds.
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